Gran parte del lavoro parlamentare si svolge nelle commissioni. Prima di una sessione, i membri delle commissioni si riuniscono varie volte per esaminare gli oggetti sottoposti alle Camere.
Nelle commissioni si trovano parlamentari di diversi partiti. Spesso per chiarire questioni specifiche sono inoltre sentiti specialisti dell’Amministrazione e altri esperti. In questo contesto le commissioni lavorano anche a stretto contatto con il Consiglio federale.
Si parla di commissioni "separate" quando due commissioni omologhe si occupano degli stessi temi nelle due Camere. Le commissioni del Consiglio nazionale sono composte da 25 parlamentari, mentre quelle del Consiglio degli Stati sono composte da 13 parlamentari.
Ogni Camera ha nove "commissioni tematiche" e due "commissioni di vigilanza".
Le commissioni tematiche trattano oggetti che riguardano ad esempio l’educazione, i trasporti, la sanità o l’ambiente. I membri delle commissioni di vigilanza hanno il compito di sorvegliare e vigilare fra l’altro sulle finanze e sulla gestione degli affari da parte del Consiglio federale e dell’Amministrazione.